列昂纳多历来被描绘为玫瑰十字派的先驱之一，而有位名叫瓦萨里的传记作家，宣称他有“异教心态”。这所谓的邪念，包括了他相信耶稣基督有一位孪生兄弟托马斯。在《最后的晚餐》中，就出现了两个几乎等同的耶稣形象。左数第二人与坐在中央的耶稣形貌俨然相似，人们怀疑这个形象多半就代表托马斯。